Khi còn là một đứa trẻ, bà đến Anh cùng với những người còn lại của gia đình khi cha bà, Edward the Exile, được triệu hồi vào năm 1057 với tư cách là người kế vị mặc định cho chú cố của bà, Vua Edward the Confessor không con. Dù là do nguyên nhân tự nhiên hay có sự sắp đặt, cha bà qua đời ngay sau khi đến nơi, và Margaret tiếp tục cư trú tại triều đình Anh nơi anh trai bà, Edgar Ætheling, được coi là người có khả năng kế vị ngai vàng Anh.[1] Khi Edward the Confessor qua đời vào tháng 1 năm 1066, Harold Godwinson được chọn làm vua, có thể vì Edgar được coi là quá trẻ. Sau thất bại của Harold trong trận Hastings vào cuối năm đó, Edgar được xưng là Vua của Anh, nhưng khi người Norman tiến vào London, Witenagemot đã trình bày Edgar cho William I của Anh, người đã đưa Edgar đến Normandy trước khi đưa ông trở lại Anh vào năm 1068, khi đó cả 3 anh chị em Edgar, Margaret, Cristina, và mẹ của họ là Agatha chạy trốn lên phía bắc tới Northumbria, Anh.